В статистических списках населённых мест от 1859 года Протопопова присутствует как казённое село. Местонахождение показано как "при речке Ушайке" и "По правую сторону р. Томи". Тогда там было дворов - 72, и значилось мужчин - 134, женщин - 125. Уездный центр находился в 20 км.
Протопопова
село