Село Ишеево известно с 1646 года, когда оно являлось центром Князь-Ишеевской сотни Чувашской даруги Свияжской стороны Казанского царства. Затем село вошло в состав Казанской губернии.
Упоминается в перепеси 1717 года, где перечислены крестьянские дворы, числившиеся за местными мурзами.