Село Внуково Дмитровского уезда в прошлом также называлось Епатьевское или Елпатьевское от Епатьевской церкви. Село принадлежало Троице-Калязинскому монастырю. В смутное время церковь разрушилась и в писцовой книге 1627-29 годов Внуково указано как деревня. В 1633 году церковь Евпатия была построена снова. В 1877 году была построена Троицкая церковь, которая сохранилась до сих пор.
До 2006 года Внуково было центром Внуковского сельского округа Дмитровского района Московской области. Сейчас входит в состав городского поселения Дмитров.