Село Ельники основано в конце 16 века. Название произошло от близлежащих еловых лесов.
Согласно списков населённых мест Пензенской губернии 1869 года на тот момент в Ельниках было 327 дворов, в которых проживали 2197 человек. В 1913 году насчитывалось уже 759 дворов, работали церковно-приходская школа, больница, две мельницы.