Холмогоры были центром одноимённого уезда в Архангельской губернии. Поселение расположено на левом берегу Северной Двины в 70 верстах выше по течению реки от Архангельска. Северная Двина в районе Холмогор распадается на рукава и образует несколько островов. Фактически населённый пункт находится на острове, что, по одной из версий, отражается в названии. Топоним происходит от финно-угорского «колме маа», что обозначает «три земли» (река с островом посредине).
История
Поселение на месте Холмогор известно с 12 века, когда упоминается новгородский Иван-пост. Впоследствии здесь на находилось несколько деревень (одно из них Колмогоры), которые в дальнейшем объединились и сформировали Холмогоры.
Сведения о поселении Колмогоры встречаются в первой половине 14 века, а данные о местной крепости — в конце 14 столетия. В 1686 году к Колмогорам присоединили соседние деревни. Так на карте появился город Холмогоры.
До административных реформ Холмогоры были одним из главных городов Двинской земли и центром епархии, которая охватывала территорию всей Архангельской губернии. В Холмогорах с 16 века находились резиденция двинского воеводы и таможенный пункт.
Расцвет города пришёлся на конец 16 — 17 век, когда Холмогоры являлись важнейшим торговым центром страны. В городе велось каменное строительство, возводили храмы и монастыри и даже открыли книгохранилище и обсерваторию.
С 1702 года, когда административный центр Двинской земли перенесли в Архангельск, Холмогоры стали терять своё значение. В 1708 году город стал центром Холмогорского уезда. В 1765 году епархиальная резиденция из Холмогор тоже переехала в Архангельск. С тех пор и до начала 20 века Холмогоры известны как место ссылки.
В 1922 году город лишился статуса уездного центра в пользу Емецка, а в 1925 — и самого статуса города, оставаясь волостным центром. В 1929 году Холмогоры назначили центром района в Архангельском округе Северного края.